Das Päpstliche Institut für Kirchenmusik wurde vom heiligen Papst Pius X. gegründet, der ihm den Namen "Scuola superiore di Musica Sacra" gab. Am 3. Januar 1911 öffnete die Schule ihre Pforten; die Bestätigung erfolgte mit Breve Expleverunt vom 4. November desselben Jahres. Mit Reskript des Staatssekretariats wurde die Schule zu einer päpstlichen Institution erhoben und ermächtigt, akademische Grade zu verleihen. Als Residenz wählte Papst Benedikt XV. den Palazzo di Sant’Apollinare und ermöglichte so die Übersiedlung von der Via Mascherone in die neuen Gebäude (16. Oktober 1914). Papst Pius XI. setzte mit Motu proprio Ad musicae sacrae restitutionem (22. November 1922) die Statuten fest und bestätigte die unmittelbare Abhängigkeit der Schule vom Apostolischen Stuhl.
 

Mit der Apostolischen Konstitution Deus scientiarum Dominus (24. Mai 1931) wurde die Schule – nunmehr "Pontificio Istituto di Musica Sacra" genannt – in die Reihe der päpstlichen Universitäten und Fakultäten eingegliedert. Papst Pius XII. empfahl nachdrücklich den Besuch der  angebotenen Lehrveranstaltungen -  nicht nur mittels eines Briefes des Staatssekretariats, der an den Episkopat der ganzen Kirche gerichtet war (22. November 1953), sondern auch mit der Enzyklika Musicae sacrae disciplina (25. Dezember 1955). In der Instruktion über die Kirchenmusik und die Liturgie vom 3. Oktober 1958 bekräftigte die Ritenkongregation die Vorrangstellung des römischen Instituts vor anderen, ähnlichen Institutionen. Der selige Papst Johannes XXIII. würdigte mit dem Apostolischen Schreiben Iucunda laudatio zum 50jährigen Bestehen des Instituts das bisher Vollbrachte und eröffnete die neue Abteilung der Musik der Missionen (8. Dezember 1961). Mit dem Chirograph Nobile subsidium liturgiae (22. November 1963) setzte Papst Paul VI. die "Consociatio Internationalis Musicae Sacrae" ein, deren Sekretariat sich in den Räumlichkeiten des Instituts befindet. 1975 gründete er die Schule für Gregorianische Semiologie.
 

Papst Johannes Paul II. übertrug dem Institut 1983 die Gebäude der Abtei S. Girolamo in Urbe, wo sich seit dem Studienjahr 1984/1985 das akademische und liturgische Leben entfaltet. Am 19. Januar 2001, zum 90. Jahrestag der Gründung des "Pontificio Istituto di Musica Sacra" und als Abschluß der Feierlichkeiten zum Gedenken an Mons. Higini Anglès, Präses des Instituts von 1947 bis 1969, empfing Papst Johannes Paul II. die Dozenten und Mitarbeiter des Instituts in Privataudienz.

In seiner Ansprache illustrierte der Heilige Vater die Grundzüge der Kirchenmusik und brachte seine hohe Wertschätzung des didaktischen, künstlerischen und liturgischen Wirkens des Instituts zum Ausdruck.

Auch das Chirograph Papst Johannes Pauls II. über die Kirchenmusik vom 22. November 2003, verfaßt zum 100. Jahrestag des Motu proprios Inter sollicitudines des heiligen Papstes Pius X., zeugt von der Anerkennung des Heiligen Vaters für das Institut. Darin würdigt er nicht nur die Verdienste "dieser bereits fast hundertjährigen akademischen Institution, die der Kirche schon immer einen qualifizierten Dienst geleistet hat und das auch weiter tut", sondern bezeichnet sie auch als jenes Organ, das der Kongregation für den Gottesdienst und die Sakramentenordnung im Bereich der Kirchenmusik bei der Aufgabe zur Seite steht, "die Feier der Liturgie zu ordnen und zu fördern".

Bei seinem  Besuch des Instituts am 13. Oktober 2007 definierte Papst Benedikt XVI., aus dem Reichtum seiner Lehre schöpfend, die diesem anvertraute Aufgabe wie folgt: das Studium des jahrhundertealten Schatzes der Kirchenmusik solle mit dem Erfordernis der aktiven Teilnahme der Gläubigen am liturgischen Gesang verbunden werden. Es komme darauf an, die Werte der Schönheit hochzuhalten, sowie den Klerus und die Laien zur korrekten Ausübung der kirchenmusikalischen Aufgabe in der Gesamtkirche anzuhalten.

Als akademische und wissenschaftliche Institution, die vom Apostolischen Stuhl errichtet wurde, verfügt das römische "Pontificio Istituto di Musica Sacra" über eine eigenständige Rechtspersönlichkeit. Es stützt sich auf die entsprechenden Normen des Kirchenrechts, auf eigene, vom Apostolischen Stuhl approbierte Statuten und auf vom Dozentenkollegium approbierte Regelungen. Mittels vom Heiligen Stuhl verliehener Befugnis kann das Institut auch die akademischen Grade für Bakkalaureat, Lizenziat, Doktorat und für den Master verleihen.

Das "Pontificio Istituto di Musica Sacra" verfolgt das Ziel, die kirchenmusikalischen Disziplinen nach praktischen, theoretischen und geschichtlichen Kriterien zu unterrichten. Des weiteren sollen die Kenntnis und Verbreitung des Patrimoniums der Kirchenmusik wie auch jene künstlerischen Ausdrucksformen gefördert werden, die der heutigen Kultur entsprechen. Und schließlich soll der  Auftrag der Mutterkirche erfüllt werden, die Ortskirchen in aller Welt bei der Ausbildung von Musikern und Lehrern im Kirchenmusik-Bereich zu unterstützen. Seinem Auftrag gemäß unterrichtet das Institut nicht nur die im Lehrplan vorgesehenen Disziplinen, sondern befaßt sich auch mit Forschung und geschichtsästhetischen Analysen. Mit der Veröffentlichung musikalischer und wissenschaftlicher Werke, wie auch mit der Darbietung alter und neuer Kompositionen bei Konzerten und im Rahmen  der liturgischen Feiern wird der Zweck verfolgt, das Repertorium von gestern und heute bekannt zu machen.

Das "Pontificio Istituto di Musica Sacra" unterstützt die Gründung und Förderung von Institutionen, die sich mit dem Studium der Kirchenmusik beschäftigen, sei es auf akademischer Ebene (Universitäten und Hochschulen) als auch unter einem pastoralem Gesichtspunkt (diözesane Kirchenmusikschulen). Darüber hinaus organisiert es auch Studientagungen und Meisterkurse.