O Pontifício Instituto de Música Sacra foi fundado por São Pio X em 1910 com a denominação de “Escola Superior de Música Sacra”. A escola foi aberta a 3 de Janeiro de 1911 e confirmada com o breve Expleverunt de 4 de Novembro do mesmo ano. Aos 10 de Julho de 1914, com um rescrito da Secretaria de Estado, a Escola foi declarada Pontifícia e foi-lhe atribuída a faculdade de conferir graus académicos. Bento XV designou como residência da escola o palácio de Santo Apolinário, transferindo-a da sede da via del Mascherone (16 de Outubro de 1914). Pio XI, com o motu próprio Ad musicae sacrae restitutionem, de 22 de Novembro de 1922) conferiu-lhe os estatutos, confirmando a sua dependência directa da Sé Apostólica.

Com a constituição apostólica Deus scientiarum Dominus (de 24 de Maio de 1931), a Escola – denominada Pontifício Instituto de Música Sacra – foi incluída entre as universidades e faculdades pontifícias. Pio XII recomendou vivamente a frequência dos cursos através de uma carta da Secretaria de Estado ao episcopado de todo o mundo (22 de Novembro de 1953) e na encíclica Musicae sacrae disciplina (de 25 de Dezembro de 1955). Na Instrução sobre a Música Sacra e a Sagrada Liturgia de 3 de Outubro de 1958, a Sagrada Congregação dos Ritos sublinhou a prioridade do Instituto romano em relação a outras instituições afins. João XXIII, por ocasião do cinquentenário da fundação, com a carta apostólica Iucunda laudatio, louvava o trabalho desenvolvido pelo Instituto e instituía uma secção de música para as missões (8 de Dezembro de 1961). Paulo VI, com o quirógrafo Nobile subsidium liturgiae (de 22 de Novembro de 1963) instituiu a Consociatio Internationalis Musicae Sacrae, cuja secretaria tem sede no Instituto e aos 10 de Maio de 1975 fundou a Escola de semiologia gregoriana.
 

João Paulo II em 1983 concedeu ao Instituto o inteiro imóvel da abadia de São Jerônimo in Urbe, onde, desde o ano académico de 1984-1985, decorre a actividade didáctica e litúrgica. Aos 19 de Janeiro de 2001, no nonagésimo aniversário da fundação do Pontifício Instituto de Música Sacra e na conclusão das celebrações em memória de Mons. Higini Anglès, Preside do Instituto desde o ano 1947 a 1969, o corpo docente e o pessoal do Instituto foram recebidos em audiência particular por S.S. João Paulo II.

No discurso pronunciado na ocasião, o Santo Padre traçou de maneira competente as linhas mestras da música sacra, manifestando a sua alta consideração e o seu apreço em relação à actividade didáctica, artística e litúrgica do Instituto. O Quirógrafo sobre a Música Sacra, que comemora o centenário do Motu próprio Inter sollicitudines de San Pio X, emanado por João Paulo II aos 22 de Novembro de 2003, é mais um sinal da sua predilecção pelo Instituto, porque – recordando os méritos desta “Instituição académica já quase centenária, que prestou e presta um serviço qualificado à Igreja” - a designou como entidade colaboradora da Sagrada Congregação para o Culto Divino e a Disciplina dos Sacramentos na “tarefa de regulamentar e promover a Sagrada Liturgia”, particularmente no “sector da música sacra litúrgica”. Na sua visita ao Instituto de 13 de Outubro de 2007, o Santo Padre Bento XVI traçou desde o seu alto magistério o programa a nós confiado: conjugar o estudo da música litúrgica da tradição católica às exigências da participação activa dos fiéis ao canto litúrgico, sempre exaltando os valores da beleza e promovendo a formação
o clero e dos leigos à correcta praxis litúrgico-musical na Igreja universal.

O Pontifício Instituto de Música Sacra de Roma, na qualidade de instituição académica e científica erecta pela Sé Apostólica goza de personalidade jurídica própria e se fundamenta sobre as normas do direito canónico, sobre os estatutos próprios aprovados pela Santa Sé e sobre as normas aprovadas pelo Conselho Académico; por faculdade da Sé Apostólica, confere os graus académicos de Bacharelado, Licenciatura, Doutorado e Master.

O Instituto visa as seguintes finalidades: ensinar as disciplinas litúrgico-musicais sob o perfil prático, teórico e histórico; promover o conhecimento e a difusão do património tradicional da música sacra e favorecer as expressões artísticas adequadas às culturas hodiernas; prestar, por encargo da Igreja Mãe de Roma, um serviço às Igrejas locais de todo o mundo, em vista da formação dos músicos de igreja e dos futuros professores no âmbito da música sacra. O Instituto cumpre o seu mandato através do ensino das disciplinas curriculares, pesquisa e análise histórico-estética, publicação de obras musicais e científicas, execução em contextos concertístico e litúrgico de composições musicais, com o objectivo de difundir o repertório do passado e do presente.

O Pontifício Instituto de Música Sacra promove, além do mais, o desenvolvimento de centros de estudo sobre a música sacra tanto a nível académico (Universidades, Escolas superiores) como a nível pastoral (Escola diocesanas), assim como na organização de convénios de estudo e cursos de especialização e de aperfeiçoamento (Master).