TRIBUNAUX
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Pour les absolutions des censures et pour les dispenses réservées au Souverain Pontife, il est fait mention à la fin du XIIème siècle du Cardinalis qui confessiones pro papa recipit, appelé poenitentiarius sous Honorius III (1216-27) puis poenitentiarius generalis ou maior par Clément V. Ses pouvoirs ne s'éteignirent pas avec la mort du Pape (1311-1312). Il fut assisté depuis le début par les chapelains pénitenciers (puis les minores), qui subsistent encore aujourd'hui dans les quatre basiliques patriarcales de Rome.

Déjà au XIIIème siècle on trouve les correctores, scriptores, distributores et le sigillator; Benoît XII ajouta le bureau du doctor expertus in iure canonico (13 avril 1338). Le bureau du reggente exista sous Eugène IV (13 avril 1438), celui du datarius sous Alexandre VI. Saint Pie V, après avoir révoqué complètement les pouvoirs du Cardinal Pénitencier et supprimé la Pénitencerie elle-même (23 avril 1569), la reconstitua (18 mai 1569) radicalement réformée, en réduisant au minimum les pouvoirs du Cardinal Pénitencier au foro externo, et en créant parmi les bureaux le teologo (par privilège réservé à la Compagnie de Jésus) et le canonista. Une nouvelle réforme des pouvoirs et de la procédure eu lieu sous Benoît XIV (13 avril 1744), dont les constitutions restèrent, avec quelques modifications, en vigueur dans les réformes de Saint Pie X, qui réduisit définitivement la compétence au for interne, et de Benoît XV, qui détacha du Saint Office la section des Indulgences, en la joignant à la Pénitencerie (25 mars 1935), et servirent de base à la Constitution Quae divinitus de Pie XI (25 mars 1935).

La Constitution Apostolique Pastor Bonus (28 juin 1988) confirme que la compétence du Tribunal de la Pénitencerie comprend tout ce qui touche au for interne même non sacramentel et en outre tout ce qui a trait aux concessions et à l'usage des indulgences, sauf le droit de la Congrégation de la Doctrine de la Foi d'examiner tout ce qui regarde la doctrine dogmatique autour des indulgences.

Le Régent avec deux Officiels examine chaque pratique dans le Congrès quotidien; les Prélats de la Pénitencerie se réunissent périodiquement sous la présidence du Cardinal Pénitencier Majeur, avec lequel ils forment le Conseil, dans l'assemblée dite  Signatura Paenitentiariae Apostolicae, pour examiner les pratiques qui, présentant des difficultés particulières, requièrent une étude approfondie.