A partir du XIV° siècle, la pratique des Jubilés draine les pèlerinages au tombeau de l’Apôtre, et les Papes entreprennent à ces occasions de grands travaux. Boniface IX (1389-1405), puis Martin V (1417-1431) invitent les fidèles à faire dans ce but des offrandes, les assortissant d’indulgences, liées à la prière et à la pénitence.

Grégoire XIII, fait adjoindre la balustrade autour de la tombe pour le jubilé de 1575. Clément VIII fait surhausser l’autel majeur pour celui de 1600, et en 1625, c’est Urbain VIII qui fait transformer la Chapelle de Saint-Laurent [1] par Carlo Maderno.

Benoît XIII confie, pour le jubilé de 1725, la construction d'un nouveau portique à Antonio Canevari, qui démolit l'antique narthex, et fait adjoindre la Chapelle du Crucifix (ou du Saint-Sacrement), pour recevoir le Crucifix [2] “miraculeux” de bois polychrome2 attribuée au Siennois Tino di Camaino (XIVème siècle) ; on y voit aussi une icône en mosaïque (XIII°s) et un émouvante statue-reliquaire en bois polychrome de Saint- Paul, portant les traces de l'incendie de 1823.

Autels et chapelles s’ouvrant sur le transept font de la Basilique un témoin de l’art baroque [3].

1) C’est là qu’aujourd’hui les moines célèbrent les laudes, les vêpres et la messe chorale.
 
2) Le Christ dont Sainte Brigitte rapporte qu'Il a tourné vers elle son visage alors qu'elle priait à ses pieds, en 1370, la confortant dans son projet de fondation; une statue la représente dans la Chapelle. Et c'est devant l'icône en mosaïque du XIII° s. qu'un autre fondateur, Saint Ignace de Loyola, professa ses vœux, le 22 août 1541.
 
3) Au chevet du transept gauche, l’autel de la Conversion de Saint Paul, œuvre de Camuccini, rappelle l’expérience fondamentale de la conversion intérieure de l’Apôtre des Nations ; il est entouré des statues de S. Grégoire le Grand et de S. Bernard. Au chevet du transept droit, l’autel de l’Assomption conserve la copie de la mosaïque du Couronnement de la Vierge, de Giulio Romano (1492). La Chapelle de Saint-Benoît, dans le transept droit, dédiée à l’Ordre monastique qui officie depuis des siècles dans la Basilique, contient une statue homonyme. [Elle vient de faire l’objet d’une superbe restauration.]