Papa Giovanni VIII (872-882) fa innalzare una cinta di fortificazione intorno alla Basilica ed alla sua Abbazia per proteggerle da eventuali attacchi: questo complesso è nominato “Giovannipoli”.

Papa Gregorio VII (1073-1085), abate del monastero, prima di essere eletto Papa, fa rialzare il lastricato del transetto raccordandolo alla navata, fa innalzare un campanile (distrutto nel XIX secolo), mentre l’entrata principale della Basilica è dotata di una splendida porta bizantina[1] composta da 54 pannelli incisi in agemina d’argento.

1) La porta bizantina viene ordinata a Costantinopoli nel 1070 dal console amalfitano Pantaleone (per remissione dei suoi peccati, poiché questo mercante si è arricchito facendo commercio di schiavi musulmani e cristiani, traffico proibito dalla Chiesa). L’artista Teodoro rappresenta un ciclo cristologico, un ciclo apostolico (il Martirio degli Apostoli) ed un ciclo profetico. La porta è stata rimontata, ai giorni nostri, in controfacciata della Porta Santa.