El papa Juan VIII (872-882) mandó levantar una cinta de fortificación en torno a la Basílica y a su Abadía para protegerlas de posibles ataques: este conjunto fue denominado “Joannispolis”.

El papa Gregorio Magno (1073-1085), que fue abad del monasterio antes de ser elegido Papa, mandó alzar el enlosado del crucero enlazándolo con la nave central, erigió un campanario (destruido en el siglo XIX), y bajo su papado se colocó en la entrada principal de la basílica una espléndida puerta bizantina[1] formada por 54 paneles con ataujías de plata.

1) La puerta bizantina fue encargada en Constantinopla en 1070 por el cónsul de Amalfi, Panteleone (para la remisión de sus pecados, ya que este mercader se había enriquecido con el comercio de esclavos musulmanes y cristianos, tráfico prohibido por la Iglesia). El artista Teodoro representa un ciclo cristológico, un ciclo apostólico (el martirio de los apóstoles) y un ciclo profético. En nuestros días la puerta adorna la parte interior de la Puerta Santa.