IL PROGETTO DI DONATO BRAMANTE
Dopo la basilica costantiniana, per la riedificazione della nuova basilica papa Giulio II scelse Donato Bramante il quale coltivava l'idea di sovrapporre il Pantheon al Tempio della Pace, come allora era chiamata la basilica di Massenzio; cioè fondere due tipi di tempio che già Leon Battista Alberti aveva indicati come esemplari: quello "etrusco", rappresentato dalla basilica di Massenzio per una sua errata interpretazione di Vitruvio, e quello rotondo, quale era il Pantheon. La nuova basilica era stata inizialmente concepita come un grande quadrato sormontato da una cupola che, sostenuta da grandiosi pilastri, si doveva librare in alto, quasi sospesa nello spazio. Dalla stessa cupola si dipartivano quattro bracci di croce greca che terminavano, all'interno ad abside rotonda, e all'esterno in linea retta. Tuttavia, il progetto rimaneva poco definito e ipotizzava una dilatazione fino a dimensioni fuori misura che avrebbero presentato non poche difficoltà di realizzazione. I lavori furono interrotti dalla morte prematura di Bramante, avvenuta l'11 aprile 1514. Fino ad allora si era compiuta solo una drastica opera di demolizione innalzando, contemporaneamente, i giganteschi piloni e i quattro archi che avrebbero dovuto sostenere la cupola, e avviando la parte iniziale del braccio di croce meridionale. Prima di morire, Bramante stava lavorando ad una seconda ipotesi con sviluppo a croce latina, poi ripresa da Raffaello Sanzio quando, per volere di Leone X Medici, ricevette l’incarico di proseguire la costruzione insieme a Fra’ Giocondo da Verona, nominato il 1 novembre 1513 e il quasi settantenne Giuliano da Sangallo, nominato il 1 gennaio 1514. Ma anche questo progetto rimase sulla carta, poiché tutti e tre gli architetti morirono nel breve giro di sei anni. Nei fatti, fu costruita solo la base dell’immenso coro occidentale progettato a suo tempo da Bramante - in seguito abbattuto e modificato da Michelangelo con una soluzione più compatta e di dimensioni realizzabili - e l’inizio del deambulatorio sud.

LA FABRICA DI ANTONIO DA SANGALLO IL GIOVANE
Leone X nominò allora architetto della fabrica Antonio da Sangallo il Giovane, assistente sin dal 1505 di Bramante, affiancandogli nel 1520 il senese Baldassarre Peruzzi. Per il veloce succedersi degli eventi che segnarono gli ultimi quindici anni della vita del papa, dopo l’austero pontificato di Adriano VI Florensz durato appena un anno e le incertezze politiche di Clemente VII Medici, è con Paolo III Farnese, eletto nel 1534, che si riaccende l’attenzione per il cantiere di San Pietro, ormai sospeso da anni. La nuova soluzione, ispirata all'arte gotica, rifletteva l’allontanamento dalla grandiosa pianta centrale di Bramante, di cui rispettava solo l'impianto a croce greca. L'edificio era prolungato in avanti con un grande portico, fiancheggiato da due campanili, ed in fondo si apriva una facciata che racchiudeva la loggia delle Benedizioni. Anche di questo ambizioso ma irrealizzabile progetto si realizzarono solo poche parti, limitatamente ad un ulteriore consolidamento dei piloni bramanteschi e all'innalzamento del pavimento della nuova basilica di m 3.20, così da conferire maggiore illuminazione e più armonico equilibrio ad un complesso altrimenti troppo alto e stretto. Si vennero quindi a creare le premesse per quegli spazi intermedi tra il vecchio pavimento della basilica costantiniana ed il nuovo che, durante il pontificato di Clemente VIII prima e Paolo V dopo, diventeranno il nucleo delle grotte Vaticane. Nel 1546 il Sangallo moriva e il 25 gennaio dell'anno successivo Paolo III, dopo un tentativo fallito di richiamare a Roma da Mantova Giulio Romano, morto in quello stesso anno, designò come successore Michelangelo.

LA CUPOLA DI MICHELANGELO
Trascorsi quarant'anni dall'inizio dei lavori, Michelangelo, libero di intervenire a suo piacimento, ricevette la nomina ufficiale. Michelangelo ritornava alla prima ispirazione di Bramante, ma con una concezione più vigorosa e semplificata. Egli plasmò quasi come una scultura la decorazione esterna dei tre bracci, dinamici nell'articolazione dei pilastri binati corinzi tra cui si aprono eleganti nicchie e finestre. La costruzione appare così vibrante, ma raccordata dallo sporgente cornicione che corre tutto intorno e su cui poggia un attico, sul quale le lesene si alternano a finestre di forme protobarocche. Su questo piedistallo s'innalza la cupola che più che appoggiata sembra adagiata sul tamburo. Nello stesso tempo il tamburo, con le colonne binate, e la cupola, con i costoloni e la lanterna, riprendono le linee di forza del corpo della basilica e le incardinano nello spazio. Michelangelo moriva nel 1564 e la costruzione della cupola era arrivata solo al tamburo. Il papa Pio IV Medici affidò la prosecuzione dei lavori a Jacopo Barozzi detto il Vignola, che ebbe tempo di iniziare solo la parte interna delle due cupole minori, finite da Giacomo Della Porta, e utili per sperimentare le possibilità costruttive ed accompagnare all'esterno la maggiore.

LA CUPOLA DI GIACOMO DELLA PORTA
Trascorsi poco più di venti anni dalla morte di Michelangelo, il 19 gennaio 1587 Giacomo della Porta, assistito da Domenico Fontana, ricette da papa Sisto V l'incarico di completare la cupola, riuscendo nell’impresa in meno di due anni. Dal 22 dicembre 1588 al 14 maggio 1590 l'anello superiore destinato a sostenere la lanterna era stato ultimato, ed anche se nei primi mesi del 1590 si avanzava con molta lentezza il 19 maggio, tra la gioia e i fuochi di artificio, Sisto V poteva inaugurare con la celebrazione di una messa solenne, la chiusura dell'occhio della lanterna. Nei mesi a venire i lavori ripresero a ritmo serrato, e grazie all'opera incessante di 800 operai che lavorarono anche di notte alla luce delle fiaccole, il 14 maggio 1590 il cantiere si poteva considerare chiuso; contrariamente al pronostico di dieci anni, erano trascorsi appena ventidue mesi. L'8 agosto, pochi giorni prima della morte del papa, erano state realizzate anche 36 colonne decorative. La conclusione della lanterna e la copertura del guscio esterno con lastre di piombo avvennero nel 1593, sotto Clemente VIII, e il 18 novembre dello stesso anno si appoggiò in cima alla cuspide del lanternino la grande sfera in bronzo dorato sormontata dalla croce, di Sebastiano Torrigiani.

IL COMPLETAMENTO DI CARLO MADERNO
Paolo V Borghese, eletto nel 1605, decise di affrontare la definitiva demolizione di quanto restava dell'antico tempio e accelerare il completamento del nuovo. Si rinunciò alla pianta a croce greca, sia perché il gusto dell'epoca suggeriva una diversa concezione degli spazi, sia per le non soddisfatte esigenze liturgiche dell'impianto michelangiolesco.
Il 7 marzo 1607 fu benedetta la prima pietra di ricostruzione, nel settembre dello stesso anno il papa approvò il modello di Carlo Maderno e a partire dall'ottobre successivo, in una complicata e controversa sequenza progettuale e costruttiva, in parte dovuta ai cambiamenti di opinione della committenza, ebbero inizio i lavori di demolizione. Scomparvero cappelle, altari, oratori, tra cui quello famoso di Giovanni VII con i preziosi mosaici dell'VIII secolo, il portico con gli antichi affreschi, l'atrio con le tombe papali e imperiali, la loggia delle Benedizioni e il campanile. I frammenti che non si conservarono in Vaticano furono donati a chiese esterne o ad importanti esponenti della curia, favorendone così la dispersione. Nel 1614 si compie l'immensa volta che copre l'interno della Navata, dello spessore di tre metri, nella quale vengono aperte le grandi finestre e nell'anno successivo si avvia la decorazione a stucco. Nel 1615, su progetto di Maderno, iniziano i lavori nell'area della Confessione e nello stesso anno viene demolito il muro divisorio fatto erigere da Paolo III. La domenica delle Palme, la basilica si presentò per la prima volta nella sua veste completamente rinnovata, in attesa dei futuri abbellimenti progettati in massima parte da Bernini.