Le più lontane origini della Fabbrica di San Pietro in Vaticano risalgono al pontificato di Niccolò V Parentucelli (1447 – 1455), quando vennero avviati i lavori di rifacimento del coro della Basilica di San Pietro. Apparve subito evidente infatti la necessità di una gestione adeguata dell’imponente cantiere basilicale e di un ordinamento interno appositamente determinato per far fronte alle innumerevoli difficoltà che esso comportava.
Sotto il pontificato di Paolo II Barbo (1464-1471) la struttura però stentava ancora a trovare la propria configurazione ideale, fin quando al principio del XVI secolo Papa Giulio II Della Rovere (1503 – 1513) pose mano, in modo risoluto, ai lavori di riedificazione della plurisecolare basilica costantiniana che ormai stava rovinando.
A partire infatti dagli ultimi mesi del 1505 il pontefice diede il via ad una precisa e ben delineata configurazione della Fabbrica di San Pietro come l’istituzione preposta in modo specifico al cantiere cinquecentesco della Basilica Vaticana.

In particolare con la Costituzione Liquet omnibus dell’13 gennaio 1509 egli affidò ad un certo numero di persone l’incarico di “presiedere al gran lavoro e raccogliere le oblazioni de’ fedeli per una sì pia, e lodevole opera”.
Le disposizioni emanate in favore della Fabbrica da Giulio II furono poco dopo confermate da Leone X De Medici (1513-1521) con le due costituzioni Postquam ad Apostolatus del 3 maggio 1514 e del 14 settembre 1517.
Per la prima volta l’ufficio di Commissario della Fabbrica veniva concesso ad un cardinale che era anche Nunzio del Pontefice e della Santa Sede. L’introduzione della figura di un curatore con delega per l’amministrazione del cantiere e quindi l’istituzione di un organismo direttivo del medesimo, snellì le procedure per il finanziamento dell’opera.
Nel 1524 Clemente VII De Medici (1523-1534), al fine di ottenere un più severo controllo tecnico ed amministrativo e di eleminare taluni abusi purtoppo verificatisi, provvide a nominare con la Costituzione Admonet Nos suscepti del 12 dicembre 1523 una stabile commissione di sessanta membri (Collegium LX virorum) scelti tra i funzionari stessi della Curia romana, appartenenti ad ogni nazionalità e forniti di particolare perizia tanto nella parte architettonica, quanto in quella economica, come in quella legale.
Il Collegio godeva di piena autonomia decisionale ed era posto alle immediate dipendenze della Santa Sede, restando investito delle più ampie facoltà, sia di ordine amministrativo che giudiziario. Infatti disponeva di un proprio Tribunale e di rappresentanti nelle ventiquattro “commissarie” dello Stato Pontificio.

Clemente VII, revocando la nomina del Commissario delle Indulgenze, rendeva irrevocabili i diritti del Collegio, al quale volle accordare altre vaste facoltà con la Costituzione Dudum admonente del 1 giugno 1525.
Fu il vigoroso pontefice Sisto V Peretti (1585-1590) che alla fine del Cinquecento riuscì a portare a compimento opere strategicamente determinanti per la definitiva sistemazione della basilica, modificando al tempo stesso l’istituzione petriana. Per arginare il potere del Collegio sottopose infatti la Fabbrica alla guida di un Cardinale Prefetto, anche arciprete della basilica, con la costituzione Cum ex debito del 4 marzo 1589. Il numero dei cardinali salì a settanta, cifra mai raggiunta prima; il pontefice inoltre esautorò dai loro incarichi le commissioni di cardinali fondando in loro vece una serie di congregazioni cardinalizie che dovevano occuparsi delle questioni riguardanti l’amministrazione pontificia.
Clemente VIII Aldobrandini (1592-1605) diede inizio invece al lungo e decisivo processo che arriverà a privare il Collegio di tutte le autorità acquisite nel tempo. Paolo V Borghese (1605-1621) al suo posto istituì definitivamente la Sacra Congregazione della Fabbrica di San Pietro e la eresse a Congregazione Pontificia. Essa era composta da dieci cardinali e diversi prelati; tra questi permaneva l’arciprete di San Pietro, con carica di Prefetto, al quale si affiancavano l’uditore generale delle cause e il tesoriere della Camera Apostolica, il prefetto e l’uditore decano delle cause del Palazzo Apostolico, un chierico di camera, il giudice ordinario, l’economo generale e l’avvocato della Reverenda Fabbrica. Alla Congregazione vennero assegnati ampi poteri che a partire dal 1634, vennero periodicamente rinnovati in riunioni bimestrali nella casa del Prefetto, ove si discuteva anche l’amministrazione delle finanze e la fattibilità di nuove iniziative. Al fine di snellire le procedure amministrative a carico della Fabbrica, alcuni membri della Congregazione erano chiamati a riunirsi mensilmente nella cosiddetta Congregazione particolare (o Congregazione Piccola), alla quale erano chiamati l’economo, il segretario, il computista, l’architetto, il soprastante e il fattore.
Iniziò ad emergere dunque un gruppo dirigenziale, chiamato a sciogliere nodi legali, amministrativi, organizzativi e tecnici aggravati dall’avvicendarsi dei progettisti.

Benedetto XIV Lambertini (1740-1758) con la costituzione Quanta curarum del 15 novembre 1751 riordinò ed eresse come ente proprio e distinto dalla Congregazione Generale, la Congregazione particolare economica dove si trattavano tutte le questioni relative all’andamento economico della Fabbrica. Era composta dal Cardinale Prefetto della Sacra Congregazione, da altri tre Cardinali, dal Prelato Economo e Segretario e dal Giudice ordinario della Fabbrica.
Il pontefice Pio IX Mastai Ferretti (1846-1878), con la legge edittale del 28 novembre 1863, soppresse il Tribunale della Fabbrica eretto nel 1547. A causa delle mutate condizioni dei tempi unificò l’esercizio della giurisdizione civile e penale. All’abolizione del Tribunale della Congregazione della Fabbrica seguì la soppressione anche delle 24 Commissarie e dei Commissari della Sacra Congregazione di Roma, nelle città e Diocesi dello Stato Ecclesiastico.
Al tempo di Leone XIII Pecci (1878-1903) la Congregazione della Fabbrica riprese la forma organizzativa della Costituzione Quanta curarum di Benedetto XIV.
Con la riforma curiale operata da Pio X Melchiorre Sarto (1903-1914) nel 1908 le attribuzioni della Sacra Congregazione della Reverenda Fabbrica di San Pietro vennero compresse entro limiti ancora più ristretti, relegando il suo ruolo alla sola amministrazione dei beni ed alla conservazione e manutenzione della Basilica di San Pietro, come disposto nella costituzione Sapienti consilio del 29 giugno 1908.
Con la riforma generale della Curia romana, attuata da Paolo VI Montini (1963-1978) in forza della costituzione Regimini Ecclesiae Universae del 15 agosto 1967 ed entrata in vigore il 1° marzo 1968, venne soppressa la Sacra Congregazione della Reverenda Fabbrica di San Pietro che venne ridotta a semplice Amministrazione Palatina.
Con la costituzione apostolica del 4 dicembre 1988 Pastor Bonus Giovanni Paolo II Wojtyla (1978-2005) nell’art. 192 delineò ancora una volta le competenze e le prerogative della Fabbrica di San Pietro tuttora vigenti: “la Fabbrica di San Pietro continuerà ad occuparsi di tutto quanto riguarda la Basilica del Principe degli Apostoli, sia per la conservazione e il decoro dell’edificio, sia per la disciplina interna dei custodi e dei pellegrini che vi entrano per visitarla, con le proprie leggi”.