Prima di parlare di un'opera così importante come la Cappella Sistina è necessario fare un piccolo accenno al pontefice che la volle edificare.

Sisto V era stato il papa che più dei suoi predecessori aveva saputo ridare vigore alla città depauperata dal "sacco" di Roma del 1527 e la sua prima preoccupazione era stata quella di ridare alla città eterna la possibilità di espandersi risanando zone malsane e creando infrastrutture utili allo sfruttamento delle aree già occupate dai nuovi insediamenti. Al suo architetto di fiducia, Domenico Fontana, il pontefice commissionò dunque di costruire una cappella del Santissimo Sacramento degna anche di custodire quella del Presepe.

Il programma iconografico della decorazione pittorica, nella quale sono raffigurati antenati di Cristo, storie della Vergine e della vita di Gesù, ha il suo centro nella Cappella del Presepe posta sotto l'altare che conserva l'antico Oratorio del Presepe, realizzato nel XIII secolo da Arnolfo di Cambio, che Domenico Fontana trasportò in blocco dall'abside della Basilica. Le pitture della Cappella Sistina celebrano il trionfo conseguito dalla Vergine, la cui maternità divina era negata dall'eresia protestante, nel Concilio di Trento. L'impresa fu diretta da Cesare Guerra e Giovanni Nebbia, che fra il 1587 ed il 1589 ricevettero il pagamento dovuto. Il loro interesse principale era far sì che le figurazioni della Sistina fossero la naturale continuazione del messaggio già espresso nei mosaici dell'arco absidale.

Stilisticamente le pitture sistine cedono ad un linguaggio di sicura presa sull'osservatore. Eliminato ogni intellettualismo e ogni eccessiva personalizzazione artistica, le immagini procedono chiare e riconoscibili, senza necessitare di ulteriori commenti. Numerosi sono gli artisti che lavorarono nella Sistina.

Sisto V andò a vederla personalmente nello studio dell’artista, presenziando poi all’erezione di essa nel giugno del 1587. Di Giovanni Antonio Paracca, detto il Valsoldo, invece è la statua raffigurante Sisto V che ritrae il Pontefice in ginocchio, con lo sguardo bonario sul Tabernacolo e sul Presepio della Cripta. Bellissimo è l’altare al centro della cappella: quattro angeli in bronzo dorato a grandezza naturale, opera di Sebastiano Torregiani, sorreggono il ciborio che è il modello della cappella stessa, riccamente decorato con angeli e profeti a tutto tondo e bassorilievi sugli sportelli. Ai piedi dell’altare, al termine della doppia scala della Confessione che conduce all’Oratorio del Presepe, la natività di Cecchino da Pietrasanta del XVI secolo, collocata sopra un altare in stile cosmatesco.