La Congrégation pour les Églises Orientales a son origine dans la Congregatio de Propaganda Fide pro negotiis ritus orientalis érigée par le pape Pie IX le 6 janvier 1862 avec la Constitution Apostolique Romani Pontifices; le pape Benoît XV la rendit autonome le 1er mai 1917 avec le Motu Proprio Dei Providentis et l'appela Congregatio pro Ecclesia Orientali. Le Pape Paul VI, avec la Constitution apostolique Regimini Ecclesiae Universae du 15 août 1967, transforma son nom en Congregatio pro Ecclesiis Orientalibus.
Ce Dicastère a reçu institutionnellement du Souverain Pontife le mandat de se mettre en liaison avec les Églises orientales catholiques pour en favoriser la croissance, en sauvegarder les droits, et maintenir vivants et intègres dans l'Église Catholique, à côté du patrimoine liturgique, disciplinaire et spirituel de l'Église latine, ceux aussi des différentes traditions chrétiennes orientales.
Sa compétence fut notablement accrue par le Pape Pie XI avec le Motu Proprio Sancta Dei Ecclesia du 25 mars 1938. Plus récemment les Papes Paul VI (Regimini Ecclesiae Universae) et Jean Paul II (Pastor Bonus) ont précisé les devoirs du Dicastère, lequel exerce ad normam iuris sur les éparchies, sur les Évêques, sur le clergé, sur les religieux et sur les fidèles de rite oriental les facultés que les Congrégations pour les Évêques, pour le Clergé, pour les Instituts de vie consacrée et les Sociétés de vie apostolique et pour l’Éducation catholique ont respectivement sur les diocèses, sur les Évêques, sur le clergé, sur les religieux et sur les fidèles de rite latin. Elle a, en outre, une autorité exclusive sur les régions suivantes: Égypte et péninsule du Sinaï, Érythrée et Éthiopie du Nord, Albanie méridionale, Bulgarie, Chypre, Grèce, Iran, Irak, Liban, Palestine, Syrie, Jordanie, Turquie.
La Congrégation est composée d'un Cardinal Préfet (lequel la dirige et la représente avec l'aide d'un Secrétaire) et de 27 Cardinaux, un Archevêque et 4 Évêques, désignés par le Pape ad quinquennium. Sont membres de droit les Patriarches et les Archevêques Majeurs des Églises Orientales et le Président du Conseil Pontifical pour la promotion de l'unité des Chrétiens.
L'activité des Cardinaux membres consiste à définir, réunis en assemblée spéciale ordinaire ou plénière, les questions les plus importantes, alors que les problèmes d'importance mineure sont résolus par le Préfet S. Em. Card. Leonardo Sandri, assisté par le Secrétaire S. Ecc. Mons. Giorgio Demetrio Gallaro, et par le Sous-secrétaire Sac. Flavio Pace, collaborant avec les "Officiali" et les Consulteurs.
En considération de ses différents domaines de compétence propre le Dicastère est assisté par un Collège d'une cinquantaine de Consulteurs qui fournissent un consultation spécialisée sur des questions particulières ou d'importance spéciale. La Congrégation coordonne aussi l’activité de trois Commissions d'experts: la Commission spéciale pour la Liturgie, qui a pour but de mener le devoir que le Code des Canons des Églises Orientales confie au Saint-Siège en matière de liturgie dans les Églises orientales catholiques; la Commission spéciale pour les Etudes sur le chrétien de l'Est, qui a pour but d'étudier la proposition de documents et initiatives visant à faire connaître l’Orient au catholicisme occidental et de développer l’approfondissement du patrimoine des Églises Orientales; la Commission pour la Formation du Clergé et des Religieux, qui promeut la formation des étudiants orientaux à Rome ou ailleurs selon la tradition spécifique d'appartenance.
La complexité des Églises orientales, en référence aux conditions géographico-culturelles et sociales dans lesquelles elles vivent, exige que la grande communauté catholique sache partager les biens qui peuvent aider les Orientaux à maintenir et développer les traditions les plus authentiques de leurs Églises selon l'enseignement du Concile Vatican II, la normativité du Code des Canons des Églises Orientales et les orientations des Souverains Pontifes.
Les interventions effectuées par la Congrégation en faveur du clergé et des fidèles catholiques orientaux à Rome et dans divers pays d'origine sont rendues possibles grâce aux disponibilités financières affectées à cet effet par le Saint-Siège, par les Agences internationales d'aide autres que privées. La R.O.A.C.O. (Riunione Opere Aiuto Chiese Orientali) est un Comité qui réunit ensemble les Agences-Oeuvres de différents pays du monde, qui s'engagent à un soutien financier dans différents secteurs, de l'édifice pour les lieux de culte, aux bourses d'études, des institutions éducatives et scolaires à celles dédiées à l'assistance socio-sanitaire. Elle est présidée par le Préfet de la Congrégation, et a comme vice-président le Secrétaire du Dicastère. En plus de la Catholic Near East Welfare Association (Etats-Unis d'Amérique), approuvée par le Pape Pie XI en 1928, et de la Mission Pontificale pour la Palestine (Etats-Unis d'Amérique), créée en 1949, les Agences qui recueillent des aides en Allemagne, France, Suisse, Pays-Bas et Autriche en font partie.
Le S.I.C.O. (Servizio Informazioni Chiese Orientali) est la revue dans laquelle sont publiées, annuellemement, les interventions du Saint Père concernant l’Orient Chrétien et une chronique des activités que la Congrégation mène en faveur des diverses Églises catholiques orientales. Y sont également portées les nouvelles provenant des Églises locales, la nomination des nouveaux dignitaires et des Nonces apostoliques, l’activité pastorale et évangélisatrice des Églises, la vie des Synodes et leurs décisions. A celles-ci s'ajoutent des notes concernant les activités liturgiques, d'études et formation, en plus de l'activité d'assistance mise en oeuvre par la R.O.A.C.O. et le résultat annuelle des contributions des églises particulières à la Collecte Pro Terra Sancta. C'est un instrument qui permet, moyennant une rapide consultation, d'avoir une constante mise à jour sur les multiples activités du Dicastère.
La Congrégation pour les Églises Orientales a son siège à Rome via della Conciliazione 34 dans le Palais dit des "Convertendi", construit par Bramante sur l'ancienne Place St Giacomo, dite "Scossacavalli", et sur laquelle Raphaël Sanzio vécut les dernières années de sa vie, de 1517 à 1520.