Nel 1987 è stato nominato capo della Delegazione di osservatori della Santa Sede alla Conferenza dei ministri degli esteri del movimento dei non-allineati a Pyongyang. È stato, così, il primo sacerdote cattolico a visitare quella minuscola comunità cristiana, rimasta insoluta, dai tempi della guerra di Corea.

Al rientro da quella importante missione, il 17 ottobre 1987 è stato nominato arcivescovo titolare di Urbisaglia, e inviato come Pro- nunzio apostolico in Ghana, nel Togo e nel Benin. Ha ricevuto l’ordinazione episcopale il 28 novembre dello stesso anno.

Il 12 gennaio 1991 è divenuto Nunzio apostolico in Rwanda, adoperandosi in particolare per la composizione del conflitto tra le etnie hutu e tutsi, tanto da ricevere dal Governo rwandese un riconoscimento particolare per l’opera di pacificazione svolta.

Nel marzo 1995 è ritornato come Osservatore permanente della Santa Sede nuovamente presso l’Ufficio delle Nazioni Unite a Ginevra. Tra l’altro proprio durante questo periodo ha condotto il negoziato per l’ingresso della Santa Sede, come osservatore permanente, nell’Organizzazione Mondiale del Commercio (O.M.C.). Ne è stato il primo Osservatore, dal 9 agosto 1997.

Nel 2000 Giovanni Paolo II gli ha affidato la guida della rappresentanza vaticana alla decima Conferenza delle Nazioni Unite per il commercio e lo sviluppo (Unctad) a Bangkok e, il 27 dicembre dello stesso anno, lo ha nominato nunzio apostolico in Messico, dove il 30 luglio 2002 ha avuto l’onore di accogliere Papa Wojtyła, giunto in Messico per la quinta visita apostolica.

Benedetto XVI, l’11 gennaio 2007, lo ha richiamato per affidargli la Nunziatura apostolica in Italia e nella Repubblica di San Marino.

Il 3 settembre 2011 il Papa lo ha nominato presidente della Pontificia Commissione per lo Stato della Città del Vaticano e Presidente del Governatorato del medesimo Stato. Ha assunto tali incarichi il 1° ottobre dello stesso anno.

Il 13 aprile 2013 Papa Francesco lo ha nominato Membro del gruppo di Cardinali per consigliarLo nel governo della Chiesa universale e per studiare un progetto di revisione della Costituzione Apostolica Pastor bonus sulla Curia Romana.