Dopo aver frequentato i corsi di filosofia e teologia nel seminario arcidiocesano di Braga, il 9 luglio 1961 è stato ordinato sacerdote dall’arcivescovo Antonio Benedetto Martins Júnior e incardinato a Braga. 
Inviato a Roma per perfezionare gli studi, nel 1964 è stato addetto ai servizi generali del Concilio Vaticano II e nel giugno 1967 ha conseguito il dottorato in diritto canonico alla Pontificia Università Gregoriana e il diploma alla Pontificia Accademia Ecclesiastica. Nello stesso anno, ha ricevuto il primo incarico come segretario di nunziatura a Panamá, dove è rimasto per due anni. Nel 1969 è stato trasferito alla nunziatura in Guatemala e nel febbraio dello stesso anno è stato annoverato tra gli avvocati della Rota Romana. Nel 1971 ha insegnato introduzione al diritto e diritto canonico all’università Francisco Marroquín di Guatemala. Nel 1972 è stato inviato alla delegazione apostolica in Vietnam e Cambogia, dove è rimasto fino al 1975. Poi è stata la volta della nunziatura in Australia e Papua Nuova Guinea, dove ha prestato servizio fino al 1978, e della nunziatura in Messico, dove è rimasto come segretario fino al 1981, anno in cui - da maggio a novembre - ha prestato servizio in Segreteria di Stato. Gli è stato poi affidato l’incarico di consigliere di nunziatura per il Belgio, il Lussemburgo e la Comunità Europea.

Il 16 febbraio 1985 Giovanni Paolo II lo ha nominato arcivescovo titolare di Benevento e, allo stesso tempo, Nunzio apostolico in Trinidad e Tobago, Bahamas, Barbados, Belize, Dominica, Giamaica e Santa Lucia, nonché delegato in altri territori delle Antille. 
Ha ricevuto l'ordinazione episcopale il 23 marzo 1985 dal cardinale Agostino Casaroli, segretario di Stato. 
Il 30 aprile successivo gli è stata affidata anche la rappresentanza pontificia in Grenada e, il 25 aprile 1987, quella in Antigua e Barbuda. 

Nell'agosto del 1990 gli sono state affidate le nunziature di El Salvador e dell'Honduras, che ha mantenuto fino al 1997.

Dal 1998 al 2000 è stato Nunzio apostolico in Sud Africa, Namibia, Lesotho, Swaziland e Delegato apostolico in Botswana.

Il 1° marzo 2000 Giovanni Paolo II gli ha affidato la nunziatura di Spagna e del Principato di Andorra. Durante la permanenza a Madrid è stato nominato presidente del tribunale della Rota della Nunziatura apostolica e, nel 2007, Osservatore permanente della Santa Sede presso l'Organizzazione Mondiale del Turismo.

Il 3 luglio 2009 Benedetto XVI lo ha nominato Segretario della Congregazione per i Vescovi. Il 21 ottobre dello stesso anno è divenuto segretario del Collegio cardinalizio.

Il 5 gennaio 2012 Papa Benedetto XVI lo ha nominato Penitenziere Maggiore.

Da Benedetto XVI creato e pubblicato Cardinale nel Concistoro del 18 febbraio 2012, della Diaconia di San Domenico di Guzman.

È Membro:

• delle Congregazioni: delle Cause dei Santi;  per i Vescovi;

• del Pontificio Consiglio della Pastorale dei Migranti e degli Itineranti.