LA CHAPELLE DES RELIQUES La plus précieuse des reliques et objets exposés est certainement la chaîne qui, selon la tradition la plus ancienne, lia l'Apôtre Paul au soldat romain qui le gardait, alors qu'il était en résidence surveillée, à Rome. Elle est déjà mentionnée par le pape Léon le Grand, au Vème siècle. LA PINACOTHÈQUE La Pinacothèque actuelle, aménagée dans la sacristie et dans deux pièces adjacentes, conserve des trésors picturaux de l'ancienne Basilique, une quarantaine de peintures du XIIIème au XIXème siècle, telle la Vierge à l'Enfant d'Antoniazzo Romano (XVème siècle), et présente la copie de documents rares comme une Bible carolingienne enluminée du VIIIème siècle, conservée dans la Bibliothèque de l'Abbaye, ou des gravures de l’incendie de 1823. LA COLLECTION LAPIDAIRE C'est dans le cloître que sont présentés aujourd'hui les sarcophages et quelque 2 000 fragments de pierres tombales, dont certaines gravées d'inscriptions en grec, en latin ou en hébreu, et provenant de la nécropole mise à jour lors des différents chantiers de la Basilique. Le plus beau sarcophage, dit “dogmatique” se trouve actuellement conservé au Musée Pie Chrétien du Vatican. Le “Praeceptum”, grande stèle épigraphiée en marbre du pape Grégoire le Grand (590-604) fait état d'une communauté monastique féminine auprès de la Basilique.
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