L’Archivio della Fabbrica di San Pietro, sebbene nasca ufficialmente il 13 gennaio 1579, affonda le sue radici nell’anno 1506 collegandosi all’origine dell’istituzione petriana.
La Fabbrica infatti fin dalla nascita ha conservato cun cura i documenti relativi all’esercizio e allo sviluppo della propria attività, e ancora oggi sono riscontrabili i pagamenti della prima metà del XVI secolo per la costruzione degli armadi dove “serbare le scritture”.
Soltanto nel 1579 però il Collegio dei Cardinali incaricò l’economo “provideri de archivio apud Fabricam Basilicae Principis Apostolorum de Urbe in quo reponantur scripturae […] ad Fabricam Spectantes” e in seguito a questa decisione il complesso documentario fu collocato in una stanza della Basilica di San Pietro.

Nel 1650, durante l’economato di Andrea Ghetti, la documentazione ricevette un primo ordinamento valido ancora oggi: fu redatto il Repertorium concordantiae corredato di indice alfabetico e sui dorsi dei faldoni – circa 480 – fu riportata l’indicazione analitica del contenuto.
Nella prima metà del ‘700 l’Archivio fu spostato dalla sua prima ubicazione e collocato in una delle sale ottagone della Basilica, presso la Cappella Clementina, dove rimase fino alla fine del secolo quando uscì per la prima volta dal Tempio petriano per essere trasferito a palazzo Gabrielli Borromeo, detto del Seminario romano, preso in enfiteusi dalla Fabbrica nel 1796.
Questa circostanza preservò l’Archivio dalle perdite seguite all’occupazione napoleonica: nel 1816 alla richiesta formale della Segreteria di Stato di Papa Pio VII Chiaramonti (1800-1823) di fornire un elenco del materiale archivistico sottratto e portato in Francia, l’economo della Fabbrica potè rispondere che “fortunatamente dal cessato governo non fu asportata nessuna carta del nostro Archivio”, a differenza di molti altri archivi della Santa Sede che nel 1810 erano stati trasferiti a Parigi da dove fecero ritorno con molte diminuzioni.
Rientrato nel 1824 in Basilica, l’Archivio subì un altro importante intervento di riordino ad opera di Giambattista Carinci; oltre all’intervento archivistico si provvide anche alla sistemazione ottimale degli ambienti che previde la costruzione di armadi appositamente progettati e la collocazione di ventilatori. La storia dell’Archivio è stata però dominata dalla figura di Cipriano Cipriani, monaco benedettino olivetano, che dal 1960 al 1982 ha operato all’inventariazione analitica di tutto il complesso documentario producendo, oltre ai classici strumenti di corredo, anche uno schedario cartaceo di circa 20.000 schede, ordinate per soggetto e al loro interno in ordine cronologico, la cui redazione ha previsto la lettura particolareggiata di molta parte di documentazione.

La sede attuale dell’Archivio, inaugurata nel 1984 da Giovanni Paolo II, è stata sistemata negli Ottagoni che gravitano intorno alla Cupola di San Leone Magno della Basilica di San Pietro: in questi ambienti è garantita un’ottima sistemazione della documentazione e un giusto apprezzamento del suo valore storico arricchito da un corredo artistico di notevole importanza. Le imponenti strutture murarie delle sale ottagone garantiscono inoltre le migliori condizioni microclimatiche per la conservazione dei documenti.
La documentazione storica, raccolta in diecimila unità conservative fra codici, registri, faldoni e cassette, è conservata in cento armadi per un totale di circa 2000 metri lineari di scaffalatura, mentre quella attualmente in deposito è custodita in quindici armadi.
Il complesso documentario è costituito da codici con eleganti legature, molto spesso miniate, ma anche da miscellanee di carte sciolte che conservano gli autografi e i disegni dei più grandi architetti che hanno contribuito alla costruzione e alla conservazione della Basilica. Oltre a ciò una cospicua sezione di documentazione pergamenacea - bolle papali, patenti e decreti del Collegio dei Cardinali – arricchisce l’Archivio di varie tipologie di sigilli (in ceralacca, in piombo e a secco), e di timbri (principalmente a secco).