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Entrato nella Compagnia di Gesù il 25 settembre del 1944, a soli diciassette anni, ha trascorso il noviziato a Cuneo. Ha poi studiato filosofia a Gallarate e teologia nella Facoltà teologica di Chieri, dove è stato ordinato sacerdote il 13 luglio 1952 dal cardinale Maurilio Fossati, arcivescovo di Torino. 

Nel 1958 si è laureato in teologia alla Pontificia Università Gregoriana in Roma con la tesi Il problema storico della Risurrezione negli studi recenti, pubblicata nel 1959. Dopo aver insegnato nella Facoltà di Chieri, è tornato a Roma e, nel 1966, si è laureato in Sacra Scrittura summa cum laude al Pontificio Istituto Biblico con l’importante tesi Il problema della recensionalità del codice B alla luce del papiro Bodmer XIV, pubblicata nello stesso anno.

Divenuto decano della Facoltà di Sacra Scrittura del Pontificio Istituto Biblico, ne è stato poi rettore dal 1969 al 1978, anno in cui è stato nominato Rettore magnifico della Pontificia Università Gregoriana, succedendo a padre Hervé Carrier.

Numerose le sue pubblicazioni scientifiche, tra le quali una traduzione italiana commentata degli Atti degli apostoli (1970), gli studi raccolti in La parola di Dio alle origini della Chiesa (1980) e soprattutto l’edizione critica, curata insieme ad altri specialisti di diverse confessioni cristiane, del diffuso The Greek New Testament (quarta edizione rivista, 1993). Predicatore di esercizi spirituali e attivo nel dialogo ecumenico e in quello con l’ebraismo, ha pubblicato, tra l’altro, Vita di Mosè, vita di Gesù, esistenza pasquale (1979) e Israele, radice santa (1993). Nel 1978 Paolo VI lo ha chiamato a predicare gli esercizi spirituali quaresimali in Vaticano. 

Il 29 dicembre 1979 è stato poi Giovanni Paolo II a nominarlo Arcivescovo di Milano e a conferirgli personalmente l’ordinazione episcopale nella solennità dell’Epifania del 1980, con-consacranti l’arcivescovo Eduardo Martínez Somalo, sostituto della Segreteria di Stato, e il vescovo ausiliare di Milano, monsignor Ferdinando Maggioni. L’ingresso a Milano, dove succedeva al cardinale Giovanni Colombo, è avvenuto il 10 febbraio seguente, e la prima iniziativa caratteristica dell’arcivescovo è stata, a novembre, la Scuola della Parola, per aiutare i fedeli ad accostarsi alla Sacra Scrittura secondo il metodo della lectio divina. 

È del novembre 1986 il grande convegno diocesano ad Assago sul tema del "Farsi prossimo", dove viene lanciata l'iniziativa delle Scuole di formazione all'impegno sociale e politico. Grande risonanza ha avuto poi la serie di incontri - iniziati nell’ottobre del 1987 - sulle "domande della fede", detti anche Cattedra dei non credenti, indirizzati a persone in ricerca della fede.

Il 4 novembre 1993 ha convocato il 47° Sinodo diocesano di Milano, conclusosi il 1° febbraio 1995. Nel 1997 ha presieduto le diverse manifestazioni per celebrare il XVI centenario della morte di S. Ambrogio, patrono della diocesi di Milano.

Vasta eco, al di là dei limiti territoriali della diocesi, hanno avuto le sue Lettere Pastorali e i Discorsi alla città di Milano, raccolti in quindici volumi (1981-1994), mentre una larghissima scelta di testi è stata pubblicata in Le ragioni del credere (2011).

L’impegno del cardinale Martini, divenuto durante i ventitré anni di episcopato una delle personalità più conosciute e rispettate della Chiesa cattolica, ha varcato presto i confini dell’arcidiocesi. Ha partecipato a numerose Assemblee del Sinodo dei Vescovi ed è stato Relatore alla VI Assemblea generale del 1983, sul tema: "Riconciliazione e penitenza nella missione della Chiesa". Membro del Consiglio della segreteria generale del Sinodo dei Vescovi dal 1980 al 1990 e, successivamente, dal 1994 al 2001, è stato inoltre presidente del Consiglio delle Conferenze episcopali europee (1986-1993).

Insignito di numerosi riconoscimenti accademici, dal 2000 è stato membro onorario della Pontificia Accademia delle scienze.

L’11 luglio 2002 ha rinunciato al governo pastorale dell'arcidiocesi di Milano,  riprendendo così gli studi biblici e scegliendo di vivere prevalentemente a Gerusalemme.
Con l'aggravarsi del morbo di Parkinson di cui soffriva, nel 2008 è rientrato definitivamente in Italia, risiedendo nella casa dei Gesuiti a Gallarate, dove aveva studiato da giovane e dove è morto il 31 agosto 2012. 

Da Giovanni Paolo II creato e pubblicato Cardinale nel Concistoro del 2 febbraio 1983, del Titolo di S. Cecilia.

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