LA CAPILLA DE LAS RELIQUIAS
 
La más valiosa de las reliquias y de los objetos expuestos son sin duda las cadenas que, según la tradición más antigua, ataron al Apóstol Pablo al soldado romano que lo custodiaba, durante el periodo de custodia militaris que pasó en Roma. En este tipo de prisión el prisionero podía escoger una residencia, y el militar que lo vigilaba debía acompañarlo a todas horas y tenerlo atado con una cadena al salir a la calle. La cita ya el papa León el Grande, en el siglo V.

LA PINACOTECA
 
La actual Pinacoteca, que se encuentra en la sacristía y en dos locales adyacentes, conserva los tesoros pictóricos de la antigua basílica, unas cuarenta obras que van del siglo XIII al XIX, como la Virgen con el Niño de Antoniazzo Romano (siglo XV) y también la copia de algunos documentos raros come una Biblia carolingia miniada del siglo VIII, conservada en la biblioteca de la Abadía, y algunas incisiones del incendio de 1823.

LA COLECCIÓN LAPIDARIA
 
En el claustro pueden verse hoy los sarcófagos y unos 2000 fragmentos de lápidas, algunas de éstas con leyendas en griego, latín, hebreo, procedentes de la necrópolis que vino a la luz durante las varias obras que se han ido realizando cerca de la Basílica. El sarcófago más hermoso, llamado “dogmático”, se conserva actualmente en el Museo Pío Cristiano del Vaticano. El “Praeceptum”, gran estela epigrafiada realizada en mármol del papa Gregorio el Grande (590-604), se refiere a una comunidad monástica femenina que existía junto a la Basílica.