La Sacra Congregazione degli Affari Ecclesiastici Straordinari fu istituita da Pio VII con Biglietto del cardinale Bartolomeo Pacca, Pro-Segretario di Stato, a padre Francesco Fontana, B., il 19 luglio 1814, ampliando così la facoltà della Congregazione super Negotiis Extraordinariis Regni Galliarum, istituita da Pio VI nel 1793.

La Congregazione degli AA.EE.SS. doveva assicurare alla Santa Sede un organo consultivo a cui sottoporre questioni di particolare interesse, che affondavano le radici nella grave situazione ecclesiastica derivata dagli sconvolgimenti della Rivoluzione Francese e da Napoleone Bonaparte.

Pio VII, rientrato a Roma dall’esilio (1814), affidò alla Congregazione il compito di restaurare le relazioni tra gli Stati e la Chiesa, risolvere questioni di carattere legislativo civile, circa l’insegnamento, la giurisdizione e la libertà ecclesiastica, l’erezione e il governo delle diocesi, le trattative per la nomina dei vescovi, le relazioni tra il clero e i governi, senza trascurare tematiche spirituali, dogmatiche, morali e disciplinari nei singoli Paesi europei.