L'Empereur Constantin, qui règne de 306 à 337, met fin à la persécution contre les chrétiens, en proclamant notamment l’Edit de Milan, en 313, qui donne la liberté de culte pour tous. Il fait fouiller les lieux où les chrétiens vénéraient la mémoire de l’Apôtre.

Au-dessus de la tombe, il fait édifier un lieu de culte [1], dont l’exiguïté suggère que préexistait à cet endroit la structure d’une domus ecclesiae, une église domestique. La basilique est consacrée le 18 novembre 324 par le pape Sylvestre Ier (314-335).

On voit au sol [2], depuis les grands travaux de 2006, l’abside orientée vers l’est, selon la coutume.

La basilique grandiose des Trois Empereurs

Elle est consacrée en 395 par le pape Sirice (384-399). Pour permettre l'agrandissement de la Basilique devenue trop petite devant l'afflux de pèlerins, on est obligé de changer son orientation, d'est en ouest. Sa structure est byzantine, longue de 131,66 m, large de 65 m et haute de 30 m.

Avec ses cinq nefs (une grande nef centrale de 29,70 m, flanquée de quatre nefs latérales), soutenues par une « forêt » de 80 colonnes monolithes de granit, et son quadriportique (long de 70 m), c’est alors la plus grande des quatre Basiliques romaines, jusqu’à la réédification de Saint-Pierre.

Témoignant de l’amour de l’Église pour ce lieu, les Papes ne vont cesser de le restaurer et l’embellir par l’ajout de fresques, mosaïques, peintures ou chapelles, au fil des siècles.

1) Les très importants travaux d’excavation autour de la tombe ont mis au jour l’abside de la première basilique constantinienne du début du IVème siècle, que l’on voit à travers un pavement de verre. Il n’est pas exclu que ces fondations cachent les restes de l’antique tropaeum, mémorial érigé sur la tombe l’Apôtre.

2) Théodose, Arcadius et Valentinien II confient les travaux à l’architecte Cyrias en 386. La basilique est terminée sous leur successeur, Honorius, comme l’indique l’inscription sur l’Arc triomphal dit de Galla Placidia, sœur de l’empereur qui le finança.