Le pape Jean VIII (872-882) fait élever une vaste enceinte fortifiée autour de la Basilique et de son Abbaye pour la protéger des invasions successives : ce complexe est dit “Giovannipoli”.

Le pape Grégoire le Grand (1073-1085), abbé du monastère adjacent avant d’être élu Pape, fait rehausser le pavement du transept, le raccordant à la nef, élever un campanile (détruit au XIXème siècle), tandis que l’entrée principale de la Basilique est dotée d’une splendide porte byzantine [1], composée de 54 panneaux gravés en damasquinage d'argent.

1) La porte byzantine est commandée à Constantinople, en 1070, par le consul amalfitain Pantaléon (en rémission de ses péchés, car ce marchand s’est enrichi en faisant commerce d’esclaves musulmans et chrétiens, trafic interdit par l’Église). L’artiste Théodore représente un cycle christologique, un cycle apostolique (les martyres des apôtres) et un cycle prophétique. Elle est remontée, aujourd’hui, au revers de la Porte Sainte.