Innocent III (1198-1216) fait recomposer la grande mosaïque [1] de l’abside (24 m de large sur 12 m de haut), telle qu’elle se présente aujourd’hui, et le pape [2] Honorius III (1216-1227) complète l'équipe des mosaïstes par des artistes vénitiens qui œuvrèrent à Saint-Marc de Venise.

Les apports artistiques sont nombreux, tels le dais gothique d’Arnolfo di Cambio [3], au-dessus de l’autel papal et de la Tombe, l’ornementation de la façade de Pietro Cavallini, le cloître des Vassaletto [4], et le monumental candélabre pascal (5,60 m), de Nicola d'Angelo et Pietro Vassalletto [5].

La Basilique est alors non seulement haut-lieu de pèlerinage, mais un écrin pour les arts paléochrétien, byzantin et gothique, universellement reconnu.

1) Cette grandiose mosaïque a subi des restaurations aux XVI°-XVIII° s., et après l’incendie du XIX° s., elle fut reprise en réutilisant une partie des anciennes tesselles. Des fragments originaux représentant des têtes d’apôtres, en particulier, sont présentés dans les Salles d’exposition permanente.
 
2) Remarquons le pape Honorius III, prosterné aux pieds du Christ. Le pape Paul VI se réfère à cette image, dans sa première allocution aux évêques du Concile Vatican II, le 29 septembre 1963 : « La majesté rayonnante de Jésus ressort du Pantocrator, comme dans vos basiliques, vénérables frères des Églises d’Orient et d’Occident. Et, nous- mêmes, nous nous reconnaissons dans la personne de notre prédécesseur, Honorius III, sur la splendide mosaïque de Saint-Paul-hors-les-Murs, représenté en adoration devant le Christ, de petite stature et prostré à terre pour baiser les pieds du Christ qui, grandiose, préside l’assemblée réunie dans la basilique, c’est-à-dire l’Eglise ».

3) Le riche et délicat ciborium gothique (1285), aux arcs trilobés en ogive, dont les niches cornières abritent Paul, Pierre, Timothée et Benoît, fut le point de départ d’un nouvel art figuratif. Il repose sur quatre colonnes de porphyre.

4) Le cloître adjacent au transept sud représente le sommet de l’art des Cosmati (atelier des Vassaletto, début XIII° s.). Le quadrilatère est formé d’une série de quatre colonnettes jumelées, toutes différentes, lisses, cannelées, torsadées, tressées, soutenant de petits arcs en plein cintre, surmontés d’un superbe entablement orné de mosaïques.

5) Le candélabre figure à partir du X°s. auprès de l’autel vide, durant la liturgie du Samedi saint. Le candélabre de Saint-Paul est un exemple exceptionnel des marbriers romains de la fin du XII°- début du XIII° s.: des scènes de la Passion et de la Résurrection voisinent avec un décor animalier et végétal. On lit les noms de Nicola d’Angelo et Pietro Vassaletto.