Inocêncio III (1198-1216) manda recompor o grande mosaico^[1] da abside (24 m de largura por 12 m de altura) exatamente como se apresenta em nossos dias, e o papa Honório III^[2] completa o time de mosaicistas com artistas venezianos que tinham trabalhado na Basílica de São Marcos, em Veneza.

São muitas as contribuições artísticas, como o baldaquino gótico de Arnolfo di Cambio^[3], sobre o altar papal e o túmulo, a decoração da fachada de Pietro Cavallini, o claustro dos Vassalletto^[4] e, enfim, o candelabro monumental de Nicola D’Angelo e Pietro Vassalletto^[5].

A Basílica passa a ser então não apenas um lugar importante de peregrinação, mas um tesouro das artes paleocristã, bizantina e gótica, universalmente reconhecido.

1) Este grandioso mosaico passou por restaurações nos séculos XVI-XVIII e, depois do incêndio no século XIX, foi recuperado graças à reutilização de uma parte dos velhos moldes. Fragmentos originais, representando as cabeças dos Apóstolos, em particular, estão expostos nas Salas da Exposição Permanente.
 
2) No mosaico vemos o papa Honório III prostrado aos pés de Cristo. Papa Paulo VI se refere a essa imagem em sua primeira alocução aos bispos do Concílio Vaticano II, em 29 de setembro de 1963: “A majestade característica do Pantocrator das vossas Basílicas, Irmãos das Igrejas orientais, e também das ocidentais. Nós vemo-nos figurados nesse adorador humílimo, o Nosso predecessor Honório III, que — representado no esplêndido mosaico da abside da Basílica de São Paulo Fora dos Muros, pequeno e quase aniquilado por terra — beija o pé a esse Cristo de gigantescas dimensões, em atitude de mestre real a dominar e a abençoar a assembléia recolhida na mesma Basílica, isto é, a Igreja”.

3) O rico e delicado tabernáculo gótico (1285), de arcos trilobados em ogiva, cujos nichos de canto trazem as imagens de Paulo, Pedro, Timóteo e Bento, representou o ponto de partida para uma nova arte figurativa. Ele é sustentado por quatro colunas de pórfiro.

4) O claustro adjacente ao transepto sul representa o ápice da arte dos Cosmati (oficina dos Vassaletto, início do século XIII). O quadrilátero é composto por uma série de quatro colunatas duplas, todas diferentes, lisas, caneladas, retorcidas, e que sustentam pequenos arcos semicirculares, encimados por uma estupenda grande cornija ornada por mosaicos.

5) O candelabro se apresenta desde o século X, próximo ao altar vazio, durante a liturgia do Sábado Santo. O candelabro de São Paulo representa um exemplo excepcional da obra dos marmoristas romanos do final do século XII e início do XIII: cenas da Paixão e da Ressurreição são acompanhadas por uma decoração animalista e de motivos vegetais. Nele se lêem os nomes de Nicola d’Angelo e de Pietro Vassaletto.