Die Präsenz einer klösterlichen Gemeinschaft geht auf Papst Gregor den Großen (590-604) zurück.

Es ist Papst Gregor II. (715-731), der die bis heute existierende Benediktinergemeinschaft hier fest ansiedelte.

Sie wurde von Odo von Cluny im Jahr 936 reformiert: Der Abt nimmt damals den Namen abbas et rector sancti Pauli an.

Der berühmteste unter den Mönchen war Hildebrand von Soana, der, nachdem er an der Neugestaltung der Basilika und des Lebens in seinem Kloster gearbeitet hatte, mit dem Namen Gregor VII. zum Papst (1073-1085) gewählt wird und die Reform der Kirche in Angriff nimmt, die sogenannte Gregorianische Reform.

Die Abtei verfügt damals über einen umfangreichen Vermögensbesitz.

Sie wird Zeiten großen spirituellen Glanzes, aber auch dunkle Stunden durchmachen, bis hin zur Konfiszierung ihrer Güter im Jahr 1870. Die Mönche jedoch vernachlässigen auch dann nicht ihre Aufgaben am Grab des Apostels.

Die klösterlichen Aktivitäten leben schon vor Anfang des 20. Jahrhunderts wieder auf durch die spezielle Sorge um den Bußdienst wie auch das Werk der Einheit der Christen.

Hier hat Papst Johannes XXIII. am 25. Januar 1959 die Zusammenkunft des Zweiten Vatikanischen Konzils verkündet.

Die alte Bibliothek besitzt 10.000 Bände aus dem 15. bis 17. Jahrhundert (mit Werken von Maurinern und Bollandisten), während die moderne Bibliothek aus mehr als 100.000 Bänden besteht.