Papst Johannes VIII. (872-822) lässt einen Befestigungsring um die Basilika und ihre Abtei errichten, um sie vor möglichen Angriffen zu schützen: Dieser Komplex wird „Giovannopoli“, Johannes-Stadt, genannt.

Papst Gregor VII. (1073-1085), Abt des Klosters, bevor er zum Papst gewählt wurde, lässt den gepflasterten Fußboden des Querschiffs anheben, um ihn mit dem Hauptschiff zu verbinden, und den (im 19. Jahrhundert zerstörten) Glockenturm errichten. Der Haupteingang der Basilika wiederum wird mit einem prachtvollen byzantinischen Portal [1] versehen, das aus 54 mit silbernen Linientauschierungen verzierten Tafeln besteht.

1) Das byzantinische Portal wird 1070 in Konstantinopel von dem amalfitanischen Konsul Pantaleone in Auftrag gegeben (als Wiedergutmachung für seine Sünden, weil dieser sich durch den Handel mit muslimischen und christlichen Sklaven bereichert hatte, was von der Kirche verboten war). Der Künstler Theodorus stellt einen christologischen, einen apostolischen (das Martyrium der Apostel) und einen prophetischen Zyklus dar. Heute ist das Portal auf der Innenseite der „Porta Santa“ oder Heiligen Pforte angebracht.