Innozenz III. (1198-1216) lässt das große Apsis-Mosaik [1] (24 m breit, 12 m hoch) in der Gestalt, wie es sich auch gegenwärtig noch präsentiert, wieder zusammenfügen. Und Papst Honorius III. (1216-1227) [2] erweitert die Gruppe der Mosaikkünstler um venezianische Künstler, die schon in der Markus-Kirche von Venedig gearbeitet haben.

Die künstlerischen Beiträge sind vielfältig, wie zum Beispiel das gotische Ziborium des Arnolfo di Cambio über dem Papstaltar und dem Grab [3], die Fassadendekoration des Pietro Cavallini, der Kreuzgang der Vassalletto [4] und schließlich der monumentale Osterleuchter von Nicola D’Angelo und Pietro Vassalletto [5].

Die Basilika wird damals nicht nur ein wichtiger Pilgerort, sondern ein Schrein für vorchristliche, byzantinische und gotische Kunst, die weltweit bekannt ist.

1) An diesem großartigen Mosaik sind zwischen dem 16. und 18. Jahrhundert Restaurierungsarbeiten vorgenommen worden; nach dem Brand im 19. Jahrhundert wurde es wieder zusammengesetzt, wobei ein Teil der alten Steine Verwendung fand. Originale Fragmente wie die mit den Köpfen der Apostel sind in den Sälen der ständigen Ausstellung ausgestellt.
 
2) Wir sehen Papst Honorius III., wie er sich Christus zu Füßen wirft. Papst Paul VI. bezieht sich auf dieses Bild in seiner ersten Ansprache an die Bischöfe des Zweiten Vatikanischen Konzils am 29. September 1963: „Jesus’ strahlende Majestät sticht im Pantokrator hervor, so wie in unseren Basiliken, verehrte Brüder der Kirchen des Ostens und des Westens. Und wir selbst erkennen uns in der Person unseres Vorgängers, Honorius’ III., wieder, im prächtigen Mosaik von Sankt Paul vor den Mauern, wo er Christus verehrend dargestellt wird, klein von Statur und auf die Erde niedergeworfen, um die Füße von Christus zu küssen, der in großer Gestalt der Versammlung in der Basilika, das heißt der Kirche, vorsteht.“

3) Das kunstvolle und fein gearbeitete gotische Ziborium (1285) mit dreifachen Spitzbögen, in dessen Ecknischen Paulus, Petrus, Timotheus und Benedikt dargestellt sind, bildet den Ausgangspunkt für eine neue Form figurativer Kunst. Es wird von vier Porphyrsäulen getragen.

4) Der an das südliche Querschiff angrenzende Kreuzgang bildet den Höhepunkt der Cosmaten-Kunst (Werkstatt der Vassalletto, Anfang des 13. Jahrhunderts). Der viereckige Komplex besteht aus einer Reihe von vier kleinen Doppel-Säulen, die alle unterschiedlich – glatt, kanneliert, gewunden – sind und kleine Rundbögen tragen, überwölbt von einem wundervollen, mit Mosaiken geschmückten Gesims.

5) Der Osterleuchter steht seit dem 10. Jahrhundert während der Liturgie am Karsamstag neben dem leeren Altar. Der Kandelaber von Sankt Paul stellt ein außergewöhnliches Beispiel römischer Marmorkunst vom Ende des 12./Anfang des 13. Jahrhunderts dar: Szenen der Passion und Auferstehung werden von Tier- und Pflanzenornamenten umrahmt. Auf ihm sind die Namen von Nicola D’Angelo und Pietro Vassalletto zu lesen.