Ab dem 14. Jahrhundert ziehen die Jubiläen Pilger zum Apostelgrab, und die Päpste unternehmen bei dieser Gelegenheit bedeutende Arbeiten. Bonifaz IX. (1389-1405), dann Martin V. (1417-1431) laden die Gläubigen dazu ein, für diesen Zweck zu spenden, indem sie ihnen, verbunden mit Gebeten und Bußleistungen, Nachlässe gewähren.

Gregor XIII. (1572-1585) lässt für das Jubiläumsjahr 1575 die Balustrade um das Grab herum hinzufügen. Clemens VIII. (1592-1605) lässt für das Jubiläum von 1600 den Hauptaltar erhöhen, und im Jahr 1625 lässt Urban VIII. (1623-1644) von Carlo Maderno die Kapelle des heiligen Laurentius umbauen [1].

Benedikt XIII. (1724-1730) betraut für das Jubiläum von 1725 Antonio Canevari mit der Errichtung eines neuen Portikus. Dieser reißt das alte Vestibül ab und lässt die Kruzifix-Kapelle (bzw. die Kapelle des heiligen Sakraments) anbauen, um dort das „Wunder“-Kreuz aus vielfarbigem Holz aufzustellen [2], das Tino di Camaino aus Siena (14. Jahrhundert) zugeschrieben wird. Zu sehen ist dort auch eine Mosaik-Ikone (13. Jahrhundert) und eine beeindruckende Reliquien-Statue des heiligen Paulus aus vielfarbigem Holz, das noch die Spuren des Brandes von 1823 trägt.

Die auf das Querschiff ausgerichteten Altäre und Kapellen sind Zeugnisse barocker Kunst.

1) An diesem Ort begehen die Mönche heute die Laudes, Abendandachten und die Chormesse.
 
2) Der Christus, von dem die heilige Brigitte im Jahr 1370 berichtet, dass sie gesehen habe, wie er sein Gesicht zu ihr hindrehte, während sie dabei war, zu seinen Füßen zu beten, veranlasste sie zu ihrem Stiftungsvorhaben. Es gibt eine Statue in der Kapelle, die sie darstellt. Und vor der Mosaik-Ikone (13. Jahrhundert) legte ein anderer Stifter, der heilige Ignatius von Loyola, am 22. August 1541 sein Gelübde ab.
 
3) In der Apsis des linken Querschiffs erinnert der „Altar der Bekehrung des heiligen Paulus“, ein Werk Camuccinis, an die grundlegende Erfahrung der inneren Bekehrung des Apostels der Völker; er ist von den Statuen des heiligen Gregor des Großen und des heiligen Bernhard umgeben. Neben dem rechten Querschiff bewahrt der „Mariä-Himmelfahrts-Altar“ die Kopie des Mosaiks mit der Krönung der Jungfrau von Giulio Romano (1492). Die Kapelle des heiligen Benedikt, die dem Mönchsorden gewidmet ist, der seit Jahrhunderten in der Basilika den Gottesdienst abhält, beherbergt eine gleichnamige Statue (Sie wurde unlängst einer aufwendigen Restaurierung unterzogen.)