La presenza di una comunità monastica risale a Papa Gregorio I, anche conosciuto come Gregorio Magno (590-604).

E’ Papa Gregorio II che costituisce in modo stabile la comunità benedettina, tuttora esistente.

Essa è riformata da Odon de Cluny nel 936: l’abate prende allora il nome di “abbas et rector Sancti Pauli”.

Il più celebre fra loro è il monaco Ildebrando di Soana, il quale, dopo aver lavorato al rinnovamento della Basilica e della vita del suo monastero, viene eletto Papa con il nome di Gregorio VII (1073-1085) ed intraprende la riforma della Chiesa, detta riforma gregoriana.

L’abbazia si trova allora a capo di un vasto patrimonio feudale.

Conoscerà periodi di grande splendore spirituale, ma anche di ore buie, fino alla confisca dei suoi beni nel 1870; i monaci tuttavia, anche allora, non abbandoneranno il loro incarico presso la tomba dell’Apostolo.

L’attività monastica ha ripreso, con vigore, già prima dell’inizio del XX secolo, attendendo in modo particolare al ministero della Penitenza come all’opera dell’Unità dei Cristiani.

E’ in quel luogo che, il 25 gennaio 1959, Papa Giovanni XXIII ha annunciato la convocazione del Concilio Vaticano II.

La Biblioteca antica possiede più di 10.000 volumi dal XV al XVII secolo (con edizioni maurine e bollandiste) mentre quella moderna ne possiede più di 100.000.