Dal XIV secolo in poi, la pratica dei Giubilei attira i pellegrinaggi alla tomba dell’Apostolo, ed i Papi intraprendono, in quelle occasioni, importanti lavori. Bonifacio IX (1389-1405), poi Martino V (1417-1431) invitano i fedeli a fare delle offerte a questo scopo, concedendo loro le indulgenze legate alla preghiera e alla penitenza.

Gregorio XIII fa aggiungere la balaustra intorno alla tomba per il Giubileo del 1575. Clemente VIII fa rialzare l’altare maggiore per il Giubileo del 1600, mentre, nel 1625, Urbano VIII fa trasformare la Cappella di San Lorenzo da Carlo Maderno[1].

Benedetto XIII affida, per il Giubileo del 1725, la costruzione di un nuovo portico ad Antonio Canevari, il quale demolisce l’antico vestibolo e fa aggiungere la Cappella del Crocifisso (o del Santo Sacramento) per inserirvi il Crocefisso “miracoloso” in legno policromo[2] attribuito al senese Tino di Camaino (XIV secolo); vi si vede anche una icona in mosaico (XIII secolo) ed una commovente statua-reliquia in legno policromo di San Paolo, recante le tracce dell’incendio del 1823.

Altari e cappelle che danno sul transetto rendono la Basilica testimone dell’arte barocca[3].

1) E’ in questo luogo che oggi i monaci celebrano le lodi, i vespri e la messa corale.
 
2) Il Cristo, che Santa Brigida racconta aver visto girare il viso verso di lei, mentre era intenta a pregare ai suoi piedi nel 1370, incoraggiandola nel suo progetto di fondazione. Vi è una statua che la rappresenta nella Cappella. Ed è davanti all’icona in mosaico (XIII secolo) che un altro fondatore, San Ignazio di Loyola, professa i suoi voti, il 22 agosto del 1541.
 
3) Nell’abside del transetto sinistro, l’altare della Conversione di San Paolo, opera del Camuccini, ricorda l’esperienza fondamentale della conversione interiore dell’Apostolo delle Genti; egli è circondato dalle statue di S. Gregorio il Grande e di S. Bernardo. Accanto al transetto destro, l’altare dell’Assunzione conserva la copia del mosaico dell’Incoronazione della Vergine di Giulio Romano (1492). La Cappella di San Benedetto, nel transetto destro, dedicata all’Ordine monastico che da secoli celebra nella Basilica, contiene una statua omonima (E’ stata ultimamente oggetto di uno splendido restauro).