LA CAPPELLA DELLE RELIQUIE
La più preziosa fra le reliquie e gli oggetti esposti è senz’altro la catena che, secondo la tradizione più antica, legò l’Apostolo Paolo al soldato romano che lo aveva in custodia, mentre si trovava in domicilio coatto, a Roma. E’ stata già citata da Papa Leone il Grande, nel V secolo.

LA PINACOTECA
L’attuale Pinacoteca, sistemata nella sacrestia e in due stanze attigue, conserva dei tesori pittorici della vecchia basilica, una quarantina di dipinti dal XIII al XIX secolo, come la Vergine col Bambino di Antoniazzo Romano (XV secolo) ed anche la copia di documenti rari come una Bibbia carolingia miniata dell’VIII secolo, conservata nella biblioteca dell’Abbazia, insieme a delle incisioni salvatesi dall’incendio del 1823.

LA COLLEZIONE LAPIDARIA
E’ nel chiostro che si trovano oggi i sarcofagi e circa 2000 frammenti di pietre tombali, di cui alcune recanti incisioni di scritte in greco, in latino o in ebraico, provenienti dalla necropoli venuta alla luce nel corso dei vari cantieri presso la Basilica. Il più bel sarcofago, detto “dogmatico” è attualmente conservato nel Museo Pio Cristiano del Vaticano. Il “Praeceptum”, grande stele epigrafata in marmo di Papa Gregorio il Grande (590-604) si riferisce ad una comunità monastica femminile esistente presso la Basilica.